STTWMI secara resmi berdiri pada tanggal 16 September 1996, dengan disahkan melalui SK Yayasan Wesley Indonesia memiliki visi, yaitu “Menjadi Perguruan Tinggi Teologi berciri khas John Wesley yang bermutu dengan mengembangkan seni musik, berhaluan Injili, berjiwa Misioner untuk melayani gereja, masyarakat dan bangsa Indonesia dan Asia tahun 2025.

Perjalanan usia STTWMI tidak dapat dipisahkan dari sejarah yang telah berlangsung dimulai dengan menyelenggarakan S1 Teologi untuk mencukupkan tenaga hamba Tuhan di lingkungan GMI Wilayah 2, dilanjutkan dengan mendaftarkan kepada Ditjen Bimas Kristen kemenag RI untuk mendapat Ijin Penyelenggaraan S1 Teologi sehingga layak lulusannya menyandang gelar sarjana Teologi.

Beberapa waktu kemudian, sesuai pemikiran John Wesley bahwa Musik dalam Liturgi dan Ibadah menjadi kesatuan yang tidak dapat dipisahkan, oleh karenanya sesuai kesepakatan dengan Yayasan dan GMI Wilayah 2 maka STTWMI membuka Prodi Musik Gerejawi, belanjutnya untuk kebutuhan internal GMI dibuka jiga Prodi Vokasional (M.Min;D.Min) serta Prodi Pascarjana (Magister Teologi M.Th.). Ijin Institusi dan Ijin Prodi diberikan Oleh Ditjen Bimas Kristen Kemenag RI melalui Surat Keputusan Dirjen Bimas Kristen sbb:

  1. DJ.III./Kep/HK.00.5/217/2014 tentang Ijin Pendirian Institusi.
  2. DJ.III./Kep/HK.00.5/529/2016 tentang Pemberian Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan Program Strata Satu Program Studi Teologi.
  3. DJ.III./Kep/HK.00.5/529/2016 tentang Pemberian Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan Program Strata Dua Program Studi Teologi.
  4. DJ.III./Kep/HK.00.5/529/2016 tentang Pemberian Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan Program Strata Satu Program Studi Musik Gereja.

Pemberian Ijin Penyelenggaraan dan Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan seluruh program studi akademik dan program vokasional dalam rumpun keilmuan Teologi Kristen seluruhnya diperoleh dari pemerintah cq Ditjen Bimas Kristen kementerian Agama RI.

Seiring dengan perjalanan waktu, terlihat bahwa berbagai respon Gereja dan masyarakat Kristen semakin baik, STTWMI menerima mahaisiswa dari latar belakang gereja seperti HKBP; Bala Keselamatan; Gereja Masehi Hari Ketujuh (Advent), STTTWMI menghasilkan lulusan yang sesuai dengan kebutuhan stakehorders.

Prodi menlaksanakan pembelajaran secara optimal. Namun dalam terlihat pula bahwa sangat banyak karya dan prestasi baru serta peningkatan kinerja penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi yang sangat pesat. Hal ini sangat diyakini merupakan hasil dari penyatuan visi dan misi yang kuat, sinergi spirit dan budaya pendidikan tinggi yang dikembangkan, pengembangan keilmuan yang memungkinkan lintas disiplin lebih luas, integrasi sarana dan prasarana maupun, penyatuan sistem penyelenggaraan akademik beserta sistem informasinya, serta sebagai akibat dari peningkatan skala pengelolaan kelembagaan menjadi sebuah Sekolah Tinggi.